มาตรฐาน JFS และมาตรฐานสากลอื่นๆ ที่ได้รับการรับรองจาก GFSI มีความแตกต่างกันในบางประเด็น แม้จะมีความสอดคล้องกันโดยรวม ต่อไปนี้คือตัวอย่างของความแตกต่างที่สำคัญ:

1. การเน้นวัฒนธรรมอาหารญี่ปุ่น:

• JFS อาจมีข้อกำหนดเฉพาะสำหรับอาหารญี่ปุ่นดั้งเดิม เช่น ซูชิ, ซาชิมิ
• อาจมีการควบคุมพิเศษสำหรับวัตถุดิบเฉพาะของญี่ปุ่น เช่น ปลาปักเป้า

2. การปรับให้เข้ากับกฎหมายท้องถิ่น:

• JFS จะสอดคล้องกับกฎหมายและข้อบังคับด้านอาหารของญี่ปุ่นโดยเฉพาะ
• อาจมีข้อกำหนดเพิ่มเติมเกี่ยวกับการติดฉลากภาษาญี่ปุ่นหรือการใช้สารเติมแต่งอาหารที่อนุญาตในญี่ปุ่น

3. ระบบการจัดการคุณภาพ: JFS อาจเน้นการใช้เครื่องมือคุณภาพแบบญี่ปุ่น เช่น Kaizen หรือ 5ส. มากกว่ามาตรฐานสากลอื่นๆ

4. การจัดการความเสี่ยงจากภัยพิบัติ: เนื่องจากญี่ปุ่นเป็นประเทศที่เสี่ยงต่อภัยพิบัติทางธรรมชาติ JFS อาจมีข้อกำหนดเข้มงวดกว่าในเรื่องการเตรียมพร้อมรับมือภัยพิบัติ

5. การตรวจสอบย้อนกลับ: JFS อาจมีข้อกำหนดที่เข้มงวดกว่าในเรื่องการตรวจสอบย้อนกลับ โดยเฉพาะสำหรับผลิตภัณฑ์ที่มีความอ่อนไหวสูง

6. การฝึกอบรมพนักงาน: อาจมีข้อกำหนดเฉพาะเกี่ยวกับการฝึกอบรมด้านสุขอนามัยและวัฒนธรรมการทำงานแบบญี่ปุ่น

7. การจัดการอาหารแพ้: อาจมีการเน้นสารก่อภูมิแพ้ที่พบบ่อยในอาหารญี่ปุ่นมากกว่า

8. ภาษาและการสื่อสาร: เอกสารและการตรวจประเมินของ JFS อาจเน้นการใช้ภาษาญี่ปุ่นเป็นหลัก ในขณะที่มาตรฐานสากลอื่นๆ มักใช้ภาษาอังกฤษ

ความแตกต่างเหล่านี้สะท้อนถึงความพยายามของ JFS ในการปรับมาตรฐานให้เข้ากับบริบทเฉพาะของอุตสาหกรรมอาหารญี่ปุ่น ขณะเดียวกันก็ยังคงรักษาความสอดคล้องกับมาตรฐานสากล ทำให้ผู้ประกอบการสามารถตอบสนองความต้องการของตลาดในประเทศและต่างประเทศได้อย่างมีประสิทธิภาพ

บทบาทขององค์ประกอบทั้งสามของมาตรฐาน JFS

1. ระบบการจัดการความปลอดภัยของอาหาร (FSM)

• กลไกการจัดการเพื่อการนำ GMP และ HACCP มาใช้ให้ถูกต้องและมีประสิทธิภาพ
• การกำหนดนโยบายด้านความปลอดภัย การกำหนดวิธีการจัดการเอกสาร ฯลฯ

2. การวิเคราะห์อันตราย จุดวิกฤตที่ต้องควบคุม (HACCP)

• กลไกในการลด/ขจัดอันตรายร้ายแรงที่คาดว่าจะเกิดขึ้นให้เหลือระดับที่ไม่มีผลกระทบด้านลบผ่านการควบคุมกระบวนการ
• วิเคราะห์ความเสี่ยงและชี้แจงจุดควบคุม

3. แนวทางปฏิบัติที่ดีในการผลิต (GMP)

• แนวคิดการจัดการสุขอนามัยพื้นฐานที่ต้องปฏิบัติตามเพื่อความปลอดภัยของอาหาร
• จัดการผู้คน สิ่งของ และสิ่งอำนวยความสะดวก

มาตรฐาน JFS- A

ประกอบด้วย FSM 12 รายการ HACCP 10 รายการ และ GMP 14 รายการ 

• เป็นไปตามระบบ HACCP ตามอาหารที่แก้ไขแล้ว พระราชบัญญัติสุขอนามัย (รายละเอียด: จุดตรวจสอบ FSM).
• ข้อกำหนด HACCP ถูกกำหนดในลักษณะที่แม้แต่องค์กรขนาดเล็ก สามารถทำงานได้อย่างง่ายดาย

1. กำหนดให้องค์กรสามารถระบุปัจจัยอันตรายตามความเหมาะสม

วิธีการและดำเนินการวิเคราะห์อันตรายโดยองค์กรเอง (อันตราย การวิเคราะห์โดยใช้คู่มือที่ตีพิมพ์โดยกระทรวงสาธารณสุขแรงงานและสวัสดิการและการตั้งค่าจุดควบคุมวิกฤต ฯลฯ)

2. มีการระบุบันทึกการตรวจสอบไว้อย่างชัดเจน

มาตรฐาน JFS-B

• ประกอบด้วยรายการ FSM 20 รายการ HACCP 12 รายการ และรายการ GMP 14 รายการ
• ประกอบด้วยหลักการทั้งหมด 7 ประการและขั้นตอน HACCP 12 ขั้นตอน
• มาตรฐาน JFS-A อนุญาตให้มีแนวทาง ดังนั้นส่วน HACCP จึงค่อนข้างแตกต่างกัน
• ใน JFS-A และ B มีรายการที่มีข้อกำหนดที่แตกต่างกัน แม้ว่าจะมีหมายเลขและชื่อรายการเดียวกันก็ตาม

HACCP ใน JFS-A Ver. 3.0

• ในมาตรฐาน JFS-A ขั้นตอนที่ 6-7 และ 8-9 ถูกจัดกลุ่มเข้าด้วยกันเป็นรายการ
• ขั้นตอนที่ 6 และ 7 อนุญาตให้ใช้คู่มือ
• ขั้นตอนที่ 8 และ 9 ไม่ต่างจากในมาตรฐาน JFS-B ในแง่ของสิ่งที่จำเป็น

​ ​ขั้นตอน HACCP 6,7 (หลัก 1, 2) การวิเคราะห์อันตรายและจุดควบคุมวิกฤต ในกระบวนการตั้งแต่การซื้อวัตถุดิบไปจนถึงการขนส่ง บริษัท ต้องวิเคราะห์ตัวเองหรือระบุปัจจัยอันตรายที่สำคัญโดยวิธีที่เหมาะสมซึ่งอาจทำให้เกิดอันตรายต่อสุขภาพและกำหนดวิธีการควบคุม (ที่ไหนและสิ่งที่ต้องนำไปปฏิบัติ) จุลินทรีย์ สารเคมี (รวมถึงสารก่อภูมิแพ้) และแข็งวัตถุแปลกปลอมต้องได้รับการพิจารณาเป็นปัจจัยอันตราย